所謂的房地合一稅，為2016年上路的房地交易新稅制之一，與作為「持有稅」的房屋稅不同，性質屬交易稅，有出售房地才須進行申報，有獲利得進一步繳稅，只要於2016年後取得之房地，出售時均得適用本稅制規定。總括來說房地合一稅與房地交易舊制差異最大一點為需就房屋、土地出售所產生的實際收益一併課稅，搭配自有規定的適用稅率，並對「短期交易」課以35%或45%重稅。
而依農業發展條例第37條第1項規定，移轉土地得申請不課徵土地增值稅，係限以該土地移轉時同時符合「作農業使用」及「移轉與自然人」，A君雖提示農業用地作農業使用證明書，惟土地承受人非自然人，與農業發展條例第37條規定要件不符。
依所得稅法第4條之5第1項第2款規定，符合農業發展條例第37條及第38條之1規定「得申請」不課徵土地增值稅之土地，免納房地合一稅。故原則上，納稅義務人除應取具「農業用地作農業使用證明書」外，尚須符合經地方稅稽徵機關核發「土地增值稅不課徵證明書」者，才有符合所得稅法免納房地合一稅的規定。但是實務上，有些農地移轉可能因為係在同一課稅年度內就轉手，所以沒有土地之增值，土地增值稅為0元、或係因納稅義務人已取得「農業用地作農業使用證明書」或「符合農發條例第38條之1土地作農業使用證明書」而自認農地免稅，以致於並未向地方稅稽徵機關提出「不課徵土地增值稅」之申請。若遇到這些情況時，能不能符合不課徵房地合一稅，依法仍須請地方稅稽徵機關針對要出售的農地有無符合申請不課徵土地增值稅的要件來作一個認定。
納稅義務人A君於2022年3月間買賣取得農地，又於2022年5月出售移轉登記予公司法人，A君自認出售農地時，已取得農業用地作農業使用證明書，即無須申報個人房屋土地交易所得稅，案經查獲後應補稅400餘萬元，及處罰鍰200餘萬元。
而依農業發展條例第37條第1項規定，移轉土地得申請不課徵土地增值稅，係限以該土地移轉時同時符合「作農業使用」及「移轉與自然人」，A君雖提示農業用地作農業使用證明書，惟土地承受人非自然人，與農業發展條例第37條規定要件不符。
此案例，很清楚知道，移轉對象為法人，不符合農發條例所規範的自然人，需課徵土地增值稅，然而無法取得地方稅稽徵機關核發土地增值稅不課徵證明書，依法必須申報房地合一稅。
若是受贈農地，在五年期限內移轉，則須追繳贈與稅，房地合一稅原始取得成本，則為受贈移轉當年度的公告現值，而非市價，不可不慎。
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